Макото Наэги, Абсолютная Надежда, победившая Абсолютное Отчаяние, Джанко Эносима, находится под подозрением в измене Фонду Будущего за укрыванием Остатков Отчаяния, которые продолжали ее волю. Поскольку высшие члены Фонда Будущего, в том числе бывшие одноклассники Макото Киоко Киригири, Аой Асахина и Ясухиро Хагакуре, собрались вместе, чтобы принять решение о наказании Макото, все они заключены в тюрьму Монокумой, медвежьим аватаром Юнко, которого считали мертвым , Монокума заставляет всех участвовать в финальной игре на убийство, в которой они должны попытаться определить в своих рядах предателя, который убьет их во сне, и в то же время пытается избежать смертельного отравления персонализированными запрещенными действиями. Ввергнутые в игру, где никто не может доверять друг другу, идеалы надежды Макото раздвигаются до предела.
