Гамилоны - это раса злых инопланетян, которые пытаются уничтожить планету Земля. Тем не менее, группа гражданских лиц ищет космический корабль "Ямато" и отправляется на задание вернуть нейтрализатор, который избавит их от излучения Земли.
В далеком будущем война между человеческой расой и Гамилоном отразилась на планете Земля. Постоянная бомбардировка радиоактивными астероидами сделала атмосферу планеты непригодной для жизни. В качестве средства оказания помощи королева Старша с планеты Искандар предлагает Земным силам устройство, способное полностью нейтрализовать излучение планеты. Для выполнения этой задачи космический линкор "Ямато" запускается из останков своего предка во Второй мировой войне в путешествие на 148 000 световых лет. Тем не менее, экипаж Ямато имеет только один земной год, чтобы поехать в Искандар и обратно, иначе человечество придет к концу.